百歲宮自建成以來沒進行過大的維修，只在90年代末進行過小型維修、翻蓋，更換了幾處損壞嚴重構件。由于古代建筑的大木構架承受屋頂的荷載較大，隨著時間的流逝，大木構架受各種外來因素的影響，承載能力逐漸減退，當原有荷載和外力超過梁架本身所允許的荷載時，木構架就會出現變形、下沉、傾斜、破損等情況。另外古代木構架多采用榫卯結合，節點較為松弛，年頭久了以后，往往會出現脫榫、劈裂、歪閃等現象。由于建成歷史較長，受九華山氣候潮濕、蟻害、蜂蟲等影響，目前后進屋面草架、柱、枋、檁、椽等均出現不同程度的糟朽、歪閃、拔榫、劈裂、折斷、彎曲等現象，存在極大的安全隱患，已經嚴重威脅古建筑的安全。目前第三進天井口小跨度橫梁斷裂，已經采取臨時頂撐處理。
其存在的主要問題：
（一）結構問題。
1.1結構用材充分體現了當時經濟狀況，大量使用本地松材作為主要結構和承重結構。本地松材主要特性：一是松材含油較高，易于生蟲和被白蟻啃食；二是松材易于變形，用作橫受力構件時易于彎垂，用作木椽子等小型構件時，受氣候條件影響時，其易于變形的特性會導致屋面瓦溜溝、側翻，從而使屋面漏水；三是松材枝節一般較多，用作草架、檁條等橫受力結構時，枝節節疤位置易于折斷。
1.2百歲宮屋架（天花板之上部位）普遍用材較小，其新建時尚能夠承受屋面荷載，天長日久之后，隨著木材干燥，導致部分橫受力構件木材機理減退，難以承受雨雪等重力荷載。
1.3第三進僧寮天井西側枋斷裂，目前采取臨時頂撐；屋面草架桁條用料較小，多處頂撐，木椽子大部分糟朽，粗略統計（難以做到精細統計），木椽子損壞率約為35%左右。
1.4望板椽子遭朽、屋面瓦破碎等現象。
1.5北側最底層受潮嚴重，樓面板、櫊柵糟朽腐爛。第二進下層承重木梁腐爛。
（二）外墻問題
2.1百歲宮外墻全部采用青磚砌筑，當時為節省資金，部分墻體采用重復使用的破舊、斷裂的舊青磚砌筑，墻體粘合劑為當地黃泥參合部分石灰，整體強度不夠。
2.2東、北側部分外墻石灰剝落。
（三）其他病害問題
3.1氣候潮濕的影響。梅雨季節，九華山高溫潮濕，相對濕度在90%以上，對木結構建筑形成極大的破壞能力，木結構受潮后，出現霉斑并逐漸腐爛。
3.2害蟲的影響。主要害蟲有家白蟻，粉蠹蟲等。
